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太古神农大神诞生时，天下伴有九泉相生。九泉各具异能，乃是滋生万物的源。后人神兽三族大战，最终以兽族不敌人神联军战败而收场。蚩尤引兽族入魔界，人神魔三界自此隔阂。大战之后，神农和九泉便不知所踪。时光流逝，九泉的传说也逐渐被遗忘。
越今朝和越祈为了寻找某样丢失的东西，来到了西域古城。尘封的秘密将再度被揭示。太古沉睡的巨兽破海而出，展翼千里，迅游天际；而脑海中不知名的女子之声，却令它感到迷惑。
正武、启魂、衡道、禺妖，几大势力接踵而至，谁才是真正的幕后设局人。计中有计，局中有局。不惜舍身改命，只为今朝再聚。
- [双战斗模式]：游戏采用双战斗系统，即兼顾即时、回合两种模式，且两种模式可自由切换，玩家可以随时选择自己喜欢的战斗方式。
- [战斗形式]：本作战斗形式更为丰富。普通战斗模式下，玩家可主控一名角色利用攻击队列发动技能，并可通过破防对敌人造成高伤害。战斗中可调整“集中攻击”“回复优先”等模式实现不同的战斗方案。除此之外还有“空中作战”、“射击模式”等特殊战斗形式。
- [难度级别]：本作游戏难度有三个级别，简单、普通、困难。一周目游戏无法选择困难模式，需通关一次后才可挑战。同时游戏还提供了“难度下调”功能，在游戏中感到压力过大的玩家，可以下调游戏难度，但是一旦下调同一周目将无法恢复，无法挑战困难难度BOSS。
- [凝气一击]：游戏中新增“凝气一击”系统。凝气一击分为“技”、“合”、“斩”，需要玩家在战斗中不断积累“气”来发动。择机善用“凝气一击”往往可以在战斗中化险为夷，克敌制胜。
- [奇袭系统]：在遇敌方面，当玩家成功奇袭一个目标敌人后，随即进入战斗。战斗内敌人统一根据当前领队角色等级，与场景平均敌人的等级的差值，扣除相应血量。当等级差满足一定等数值，可直接奇袭消灭敌人，不再进入战斗，直接获得经验、道具。
- [剧情战直接切入]：剧情BOSS战斗时，剧情结束后可直接进入战斗，不必切屏，这是仙剑系列对战斗遇敌系统突破的尝试。
- [自由跳跃]：本作为角色添加自由跳跃，角色可以随心所欲另辟蹊径。场景更富有立体性与层次感，探索空间也随之扩大，有些神秘物品甚至会在一些不起眼的高处等待玩家发掘。这些外形独特的神秘物品往往会有特殊效果，还可能增加某些场景声望。而场景声望将可以用于兑换一些特殊称号及外装。
- [武器幻化]：本作采用武器幻化系统，玩家将可以根据自己的喜好，打造不同的武器外观。当玩家拥有不同外观的武器时，在某些场景中找到指定NPC，即可选择将其中一把武器的外观幻化到另一把武器上，而双方武器属性不变。通过武器幻化，玩家可以根据喜好随意更新外形，不但使战斗中招式施展时的视觉感官效果更佳，也为玩家在外观搭配上提供了更多可能。
- [声望系统]：游戏的声望可通过完成相应NPC所交予的任务获得，与相应势力NPC所出售的道具有关，声望高的情况下可以获得此势力独特的道具。
- [灵脉系统]：游戏中每个角色都有三条魂魄，三条魂魄对应的成长属性不同。可以任意选择点亮哪一种。每点亮一个节点，所激活的属性和消耗的魄值不同，激活足够多的节点后自动开启隐藏属性，可使得培养方向的特点更鲜明。
- [事件游戏]：本作有各种小游戏、任务事件遍布，如全新的谜题与机关，需要配合各主角特有的地图技能完成。由于此次游戏内探索较历代更加自由，玩家会在游戏中发现更多隐藏的人物和事件，还有可能遇到各种隐藏“拾取物品”。
- [场景技能]：六位主角都各自拥有独特的“场景技能”。游戏中存在许多构思巧妙的机关，玩家需要善用六位角色的场景技能才能顺利通过。如越今朝的“凌空飞剑”，此场景技能可以飞跃一些障碍或到达一些常规无法到达的地方 。
